壹、性質不同
1、財政專項基金是經國務院批準設立， 用於支持企業技術創新的政府專項基金。
2、專項資金，是國家或有關部門或上級部門下撥行政事業單位具有專門指定用途或特殊用途的資金。
二、特點不同
1、財政專項基金：財政專項基金不同於財政直接補貼，它有嚴格的管理要求，需要在基金設立之前就必須明確資金的數量、用途、對象、支付方式和補貼方式。
2、專項資金有三個特點：
（1）來源於財政或上級單位；
（2）用於特定事項；
（3）需要單獨核算。
三、資金用途不同
1、財政專項基金的用途主要應為中小企業的新產品開發、新技術的應用提供貸款貼息和擔保，為中小企業的社會公益性活動如城市環境治理、殘疾人就業等提供直接資助。
2、專項資金用途
（1）用於投資補助和獎勵 投資補助，是指政府部門對符合條件的企業投資項目和下壹級地方政府投資項目給予的投資資金補助，壹般政府給與的投資補助不高於總投資額度的30%。獎勵，是政府部門對表現突出，業績優秀，具有重大創新貢獻企業的壹種鼓勵政策，獎勵額度視具體情況而定。
（2）用於貸款貼息和轉貸 貼息，是指政府部門對符合條件、使用了中長期銀行貸款的投資項目給予的貸款利息貼息。
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