資助經費主要用於資助期內的科學研究。受資助創新研究群體所在單位應嚴格執行《國家自然科學基金資助項目財務管理辦法》及其他相關規定,對基金資助的資金單獨建賬,專款專用。在單位的管理和監督下,經費由受資助的創新群體支配,任何單位和個人不得克扣或挪用。
資助期結束後3個月內,項目資助單位應填寫《國家自然科學基金決算匯總表》,提交自然科學基金委財政局審核。