1、資金分配和申請量：國家自然科學基金委每年都會接收大量的科研項目申請，而可用的資金有限。資助率的設定是基於可調配的資金量以及申請項目的數量進行權衡。在過去的經驗和計劃預算的基礎上，確定了百分之5的資助率。可以在保證壹定資金用於支持各個領域的科學研究的同時，也能控制資金的使用量。
2、嚴格的評審標準和競爭激烈：國家自然科學基金委的項目申請經過嚴格的評審過程，包括專家評審、評審委員會評審環節。由於申請項目眾多，評審標準和競爭壓力大，只有部分項目能夠獲得資助。全年平均資助率為百分之5，意味著競爭激烈，只有少數優秀的研究項目能夠獲得資金支持。