浙江省自然科學基金註重基礎研究、自由探索、青年人才培養和國內外合作交流，形成了由研究項目、人才項目和學術交流項目三大系列組成的資助體系。經過20多年的發展，浙江省自然科學基金的財政投入從最初的200萬增加到2011的8000萬元。資助項目從最初的216增加到2011的936個，累計資助項目達到8099個。
浙江省自然科學基金在浙江省基礎研究中發揮了“種子基金”、“支持基金”和“人才孵化器”的作用，為推動我省基礎研究工作的發展，增強地方原始創新能力，特別是在爭取國家基礎研究資源、培育國家科技成果和培養優秀科技人才方面發揮了不可或缺的重要作用。根據2010年全國科學論文統計結果，我省SCI論文數和國際引用數位居全國第四。省自然科學基金資助的多位科學家在《自然》《科學》等國際頂級雜誌上發表有影響力的論文，我省基礎研究整體水平壹直處於全國前列。
今後，浙江省自然科學基金將發揚求真務實精神，堅持以創新能力建設為主線，以培養和造就大批創新人才為核心，緊緊圍繞我省“創業富民、創新強省”戰略，努力提高自主創新能力，為建設創新型省份做出更大貢獻。