醫保先行賠付實施難，主要是制度設計和實際操作存在壹些困難。
在制度設計上，醫保基金先行支付制度的建立，旨在解決基本醫療保險參保人在第三人不負責任的情況下能夠得到及時醫療的問題，屬於緊急情況下的壹種救助制度。
但在實踐中，由於侵權責任的認定、涉及統籌積累和個人賬戶處理的基本醫療保險待遇結算、結算後的會計處理、代位求償權和資金保障等法律問題仍不明確，先行支付制度難以順利實施。