與投資其他ETF壹樣，投資港股ETF，將面臨以下風險：壹是基金凈值波動風險。由於港股ETF以復制標的指數為目標，當標的指數受各種因素影響發生波動時，港股ETF凈值也將隨之波動。這是投資港股ETF時面臨的最大風險。二是基金凈值與標的指數的跟蹤誤差風險。由於管理費用、成份股分紅等因素的影響，ETF管理人難以完全復制指數表現，從而產生跟蹤誤差。三是交易折溢價風險。由於港股ETF存在折溢價套利機制，通常情況下交易價格與凈值趨於壹致，但受市場供求的影響，其折溢價在短期內也可能出現較大波動。
受某些特殊因素影響，投資港股ETF還可能面臨以下風險。壹是匯率波動風險。港股ETF以人民幣計價，其持有的資產是以港幣計價的香港股票，人民幣對港幣匯率的波動可能造成基金凈值的波動。二是非重合交易時間折溢價較大的風險。深、港兩市存在不同的節假日及交易時間安排，在非重合交易時間，折溢價套利機制失效，ETF交易價格與凈值可能有較大偏離。三是QDII額度不足引發的溢價風險。港股ETF的QDII外匯額度用完後，在額度增加前將暫停申購，溢價套利機制暫時失效，可能出現較大溢價的情形。另外，由於港股無價格漲跌幅限制，而港股ETF價格漲跌幅限定為10%。當港股出現大幅波動時，港股ETF可能出現漲跌停板的情況。
投資者在投資港股ETF前，應認真閱讀基金合同、招募說明書及相關公告，全面了解產品的運作機制、風險收益特征和潛在風險，並充分考慮自身的風險承受能力和認知能力，理性判斷市場，謹慎做出投資決策。