以上海為例:
新生兒參加住保後，建賬前發生的醫療費用，采取零碎報銷的方式支付。
因此，子女參保手續辦理完畢後，家長可在開具之日起3個月內，攜帶子女戶口簿、有效居保證明、出院小結、醫療費收據、明細賬單、相關病史資料、上海銀行或上海農商銀行(農信社)有效銀行賬戶、本人身份證等材料到戶籍所在地的區縣少兒住院互助基金管理辦公室辦理。
新生兒每次住院符合基本醫療保險規定的醫療費用設置最低起付標準，壹級醫療機構50元，二級醫療機構65438元，三級醫療機構300元。超過起付標準的醫療費用，在社區衛生服務中心(或壹級醫療機構)就醫的個人承擔25%，在二級醫療機構就醫的個人承擔35%，在三級醫療機構就醫的個人承擔45%。
此外，居住在住宅保險中的兒童的住院治療(緊急護理)由各區指定。子女在戶籍所在地或在幼兒園、托兒所、學校就讀的市、區(縣)醫院、鄉鎮衛生院、街道社區衛生服務中心住院治療，憑住院結算證明和醫療證明可享受50%的自費醫療保險待遇。