為核算基金預算支出業務，財政總預算會計應設置“基金預算支出”科目。本科目根據《政府預算收支科目》中的基金預算支出科目設置明細賬。
財政總預算會計確認基金預算支出時，借記“基金預算支出”科目，貸記“國庫存款（或其他財政存款）”等有關科目；支出收回或沖銷轉賬時，借記有關科目，貸記“基金預算支出”科目。年終，本科目借方余額全部轉入“基金預算結余”科目時，借記“基金預算結余”科目，貸記“基金預算支出”科目。
本科目平時借方余額反應基金預算支出的累計數。年終結轉後，本科目無余額。