基金公司的投資管理部門主要包括投資部、研究部、交易部。投資部負責根據投資決策委員會制定的投資原則和計劃進行股票選擇和組合管理，向交易部下達投資指令；同時，投資部還擔負投資計劃反饋的職能，即時向投資決策委員會提供市場動態信息。研究部是基金投資運作的支撐部門，主要從事宏觀經濟分析、行業發展狀況分析和上市公司價值分析。交易部是基金投資運作的具體執行部門，負責組織、制定和執行交易計劃。
具體程序如下：
1、研究部整合內外研究力量進行調查研究，向投資決策委員會提供包括宏觀政策、經濟形勢、市場狀況等宏觀和微觀資料。
2、投資決策委員會根據研究部提供的資料制定投資原則、投資方向和總體投資計劃。
3、基金經理根據研究部提供的投資價值分析報告，擬定投資組合和投資方案，並報投資決策委員會審議批準，報風險控制部門審核。
4、基金經理根據投資決策委員會批準的投資方案向交易部下達投資指令。
5、交易部將投資執行情況報告基金經理和清算人員。
6、基金經理和清算人員將投資總結報告反饋至投資決策委員會。
7、投資決策委員會根據反饋情況，修正投資組合計劃。