1，流動性風險
指由於市場流動性不足而無法成交的風險。由於ETF流動性較弱，這種風險體現在實際交易中，形成了較大的沖擊成本和等待成本。
2.跟蹤誤差的風險
使用簡單套利方法的主要問題是跟蹤誤差。簡單套利先用跟蹤ETF的價格誤差最小化的方法得出兩只ETF的比值，存在二次跟蹤的問題。
3.結算和清算風險
由於黃金ETF每日結算，平準系統強，必須預留足夠的資金。壹般情況下，70%的倉位基本可以覆蓋ETF價格40%的不利波動。結算和清算風險必須與資本杠桿的使用和其他風險綜合考慮。杠桿套利投資者要特別註意這種風險的控制。
4、反向風險的擴散。
很多情況下，雖然利差已經達到無套利區間，但是利差不會馬上收斂。對於使用較高杠桿套利的投資者來說，當價差與預期反向波動時，容易出現較大虧損甚至空倉。雖然長期來看價差總會再次收斂，但短期內價差反向擴大的風險不容忽視。
5.ETF暫停風險
雖然ETF基金停牌的頻率較低，但參與股指期貨現貨套利必須考慮風險。
6.極端市場風險。
主要指在極端市場情況發生時，交易所可能強制平倉的風險。隨著期貨市場的日益規範，這種風險已經越來越小，可以通過申請套期保值等方法來規避這種風險。
除上述套利風險外，黃金ETF還存在壹些跨市場套利風險，主要包括價格穩定性、市場風險、信用風險、時間敞口風險、政策風險等。希望投資者特別註意風險的存在，運用適當的技巧避免風險帶來的損失。