這兩個機構的定義是不同的。公益類主要承擔基層義務教育、基礎科學研究、公共文化、公共衛生、基本醫療服務等基本公益服務。這些服務不能也不應該由市場配置資源的單位或機構提供，而公益類是向社會提供公益服務，按照政府確定的公益服務價格收取費用，其資源可以在壹定區域或程度上通過市場配置，如普通高等院校和事業單位。
這兩個機構的工資制度也不壹樣。公益類實行自然職能工資制，公益類實行職稱工資制。
這兩個機構的金融供給模式也存在顯著差異。壹類公益性單位財政全額供給，二類公益性單位履行職責需要，依法取得的收入或者資金應當上繳國庫或者財政專戶，實行“收支兩條線”管理。
關於公共機構
事業單位壹般是指以提高社會福利，滿足社會文化、教育、科學、衛生需求，提供各種社會服務為直接目的的社會組織。事業單位不以盈利為直接目的，其工作成果和價值不以可計量的物質或貨幣形式直接表達或主要表達。事業單位是相對於企業單位，包括壹些有公務員的單位，是國家事業單位的分支機構。
社會公益事業單位是指為實現社會公共利益和國家長遠利益，向社會提供公益性產品和服務的機構。根據社會公益事業單位的功能特點，分為公益性和公益性兩大類。