國務院於1986年2月14日批準成立國家自然科學基金委員會，自然科學基金委根據國家發展科學技術的方針、政策和規劃，有效運用國家自然科學基金，支持基礎研究，堅持自由探索，發揮導向作用，發現和培養科學技術人才，促進科學技術進步和經濟社會協調發展，逐漸形成和發展了由研究項目、人才項目和環境條件項目三大系列資助格局。堅持以創新能力建設為主線，以培養和造就大批創新人才為核心，以創新環境建設為重點，以機制和體制創新為保障，不斷提高國家自主創新能力，建設創新型國家。
國家自然科學基金是20世紀80年代初，為推動我國科技體制改革，變革科研經費撥款方式，中國科學院89位院士（學部委員）致函黨中央、國務院建議的。隨後，在鄧小平同誌的親切關懷下，國務院於1986年2月14日批準成立中華人民***和國國家自然科學基金委員會。自然科學基金堅持支持基礎研究，逐漸形成和發展了由研究項目、人才項目和環境條件項目三大系列組成的資助格局。三十多年來，自然科學基金在推動我國自然科學基礎研究的發展，促進基礎學科建設，發現、培養優秀科技人才等方面取得了巨大成績。