1，概念不同
社會醫療保險也稱為“疾病社會保險”或“健康社會保險”。被保險人因患病、受傷、殘疾等導致收入中斷、醫療費用損失的壹種社會保險。，保險機構提供物質幫助。
新型農村合作醫療制度是指由政府組織、引導和支持，農民自願參加，個人、集體和政府共同籌資的農民醫療互助和經濟救助制度。它采取個人捐款、集體支持和政府資助的形式來籌集資金。
2、投保對象不同。
農村合作醫療是指凡在本地登記且出生90天後的農村居民和未參加城鎮職工基本醫療保險的城鎮居民均可參加，未參加城鎮職工基本養老保險的農村居民可自願在其戶籍所在地參保。醫保是參加工作，壹部分自己交，壹部分公司交。
3.不同的支付費用和方式。
農村醫保壹年交幾百元，社保壹年交幾千甚至幾萬，比農村醫保低很多。農村醫保由參保人承擔，社保由員工和公司共同承擔。
城鎮職工醫療保險按月繳納，設定最低繳費年限。達到繳費年限(男滿25年，女滿20年)的，退休後無需繳費即可享受基本醫療保險待遇。新農合是按年繳費，終身繳費，不繳費就沒有待遇。