哺乳動物基因組被廣泛轉錄，產生大量編碼和非編碼的轉錄物。不同的RNA在物理上與染色質相關，壹個通過順式作用保留在其轉錄位點，另壹個通過反式作用募集到其他基因組區域。隨著檢測染色質相關RNA技術的發展，發現這些RNA和相關的RNA結合蛋白(RBP)在基因調控和基因組功能中發揮不同的作用。如:在基因激活和沈默中的位點特異性作用，以及在高級基因組結構中的新興作用，如參與長程增強子-啟動子相互作用、轉錄中心、異染色質、核小體和相變。
本文主要介紹三個方面:
(1)染色質與RNA的相互作用機制
(2)染色質與RNA相互作用的檢測策略
(3)染色質與RNA相互作用的功能