同業存單發行後可以在二級市場流通，也可以作為質押式回購交易的抵押品，是利率市場化的重要試點工具。
交易機構包括銀行、券商、基金、財務公司等金融機構，越來越多的機構使用同業存單作為質押券進行質押式回購交易。