1，異地支付
首次繳費基數為職工月工資總額，繳費比例為8.2%，其中公司繳納6.2%，個人繳納2%。第二個繳費基數為深圳市上年度職工月平均工資，繳費比例為0.8%，其中公司繳納0.6%，個人繳納0.2%。三檔繳費基數為深圳市上年度職工月平均工資，繳費比例為0.55%，其中公司繳納0.45%，個人繳納0.1%。
2.個人賬戶不同
在深圳參加職工醫保，只有壹檔有個人賬戶，二檔和三檔沒有。社保賬戶余額達到支付條件後，壹級參保人可以到定點醫保藥店買藥，也可以用個人賬戶給本人、配偶及直系親屬進行健康體檢、接種疫苗等。，而二類參保人不能持醫保卡去定點醫保藥店買藥，社保也不能被家人使用。
3、門診治療不同
門診報銷也分為普通門診、大病門診、門診輸血、門診特殊檢查等等。第壹檔可以通過個人賬戶裏的錢由醫保支付或報銷，第二、三檔只能報銷社康普通門診，每年最多只能報銷1000元。不同的藥品也有不同的報銷比例。