農發基金的組織機構包括∶管理大會；執行局；秘書處(總裁及其工作人員)。 秘書處由總裁和下設的資源策略部、項目管理部、管理和人事服務部等組成。總裁是農發基金的法定代表和行政首長，任期4年，只可連任壹屆。總裁任命壹名副總裁和三名助理總裁，並領導全體工作人員，主持日常事務。農發基金現任總裁為瑞典人鮑格（Lennart Bage）。前三任總裁分別為科威特人阿爾蘇丹(Fawzi Al-Sultan)，沙特阿拉伯人阿爾蘇德裏(Abdel Muhsin Al-Sudeary)和阿爾及利亞人雅澤利(Idriss Jazairy)。
農發基金***有265名工作人員，其中專業人員111人，來自49個成員國。中國有2人在農發基金秘書處工作。
為避免機構龐大和占用過多的資金，農發基金註重利用其它聯合國機構(如聯合國開發計劃署、聯合國項目服務辦公室、糧農組織、聯合國發展支持與管理服務部、世界銀行等)為其項目提供技術服務，進行項目準備和監測評價、貸款管理等事宜。