救助基金實行單獨核算、專戶管理，並按照規定用途使用。省財政廳會同江蘇保監局將於每年年初，根據財政部和保監會確定的當年從交強險保險費中提取救助基金的比例幅度和上壹年度救助基金收支情況，按照收支平衡原則，確定本省具體提取比例。
同時，省財政廳將根據當年預算，按照上壹季度保險公司經營交強險繳納營業稅數額和救助基金收支情況，向省救助基金撥付財政補助。各級財政部門應當定期將未按照規定投保交強險的罰款劃撥至省救助基金專戶。
江蘇省道路救助基金實行全省統壹政策、統壹管理、專業機構運營、部門分工負責的管理體制。省政府專門成立了“江蘇省道路交通事故社會救助基金管理工作協調小組”（以下簡稱省救助基金協調小組），負責對救助基金的籌集、使用、管理等各方面進行指導、監督、檢查。省財政廳、江蘇保監局、省公安廳、省金融辦、省衛生廳、省農機局等相關部門則根據各自職責支持救助基金的順利運作。
為保證救助基金管理組織嚴密、運轉順暢，同時降低運營管理成本，我省創新了救助基金管理模式，采取政府購買服務的方式，聘請專業機構作為江蘇省救助基金的管理人，負責救助基金日常運營管理。經過反復論證後，救助基金協調小組決定聘請江蘇省內首家總部設在江蘇省的全國性財產保險公司—紫金財產保險股份有限公司作為救助基金管理人，具體負責救助基金的申請、墊付、審核及基金撥付工作。