國家自然科學基金委員會是管理國家自然科學基金的事業單位(副部級)，按正常配置其主任行政級別是屬於部級。
依據
<國務院關於中國地震局等機構設置的通知>
國家自然科學基金委員會由原國務院直屬事業單位，改為由科學技術部管理的事業單位(副部級);全國社會保障基金理事會由原國務院直屬事業單位，改由財政部管理。
國家自然科學基金委員會介紹：
國務院於1986年2月14日批準成立國家自然科學基金委員會，自然科學基金委根據國家發展科學技術的方針、政策和規劃，有效運用國家自然科學基金，支持基礎研究，堅持自由探索，發揮導向作用，發現和培養科學技術人才，促進科學技術進步和經濟社會協調發展，
逐漸形成和發展了由研究項目、人才項目和環境條件項目三大系列資助格局。堅持以創新能力建設為主線，以培養和造就大批創新人才為核心，以創新環境建設為重點，以機制和體制創新為保障，不斷提高國家自主創新能力，建設創新型國家。