創新基金主要來源於社會資助、應歸屬於基金的各項提成和外界提供的定向資金，基金的各種來源均由基金管理委員會統壹管理。社會資助系來自於創新基金之外的企業、投資機構、社會團體及個人等的無償捐助；由基金資助的項目獲得進壹步的研發資金或成功向外推廣後所獲得的資金，按規定比例提成應歸屬於創新基金的部分也是創新基金的來源之壹；外界提供的定向資金是指由企業、社會團體及個人為基金提供的有明確使用範圍的有償資金。
凡社會無償資助基金或外界提供的定向資金壹次性達到或超過100萬元的，可向基金管理委員會申請在創新基金下設立具有獨家冠名權的專項基金。
外界提供的定向資金須在雙方協議中預先規定資助的具體研究領域或特定的項目，並且這部分資金的收支與創新基金其余部分的收支采取分開管理的方式。基金管理委員會應保證定向資金在協議規定的研究領域或特定項目中合理使用。