1、服務主體不同
企業會計服務主體以企業為主體，以其經營資金運動為對象，旨在提高企業經濟效益的壹種管理活動。非營利組織會計服務主體是政府機構和其他不以營利為主要目的的組織（如學校、醫院、科研機構、圖書館和慈善機構等）。
2、分類不同
企業會計按企業的性質，有商業企業會計、工業企業會計、農業企業會計、施工企業會計和交通運輸企業會計等。按會計內容和側重面，有財務會計和管理會計。非營利組織會計分為財政總預算會計、行政單位會計和事業單位會計三個部分。
3、核算基礎不同
企業會計用權責發生制作為記賬基礎，正確核算盈虧。非營利組織會計目前確認采用收付實現制，適當的結合運用權責。
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