健康保險實施後，壹些人濫用健康保險，壹些醫療機構不正當地虛增費用，造成健康保險基金的損失。健保局正在開發“第二代健保”，以改革目前健保的缺失。
延伸資料全民健保將臺灣省戶籍者納入，特殊情況除外(如在監獄服刑、失蹤半年以上、因長期在國外而申請停保者)，依身分分為六類:
第壹類:有雇主的公共和私營機構的雇員。
第二類:加入工會沒有雇主的人。
第三類:農漁業從業人員。
第四類:兵役和替代役人員。
第五類:符合法律法規規定的低保戶。
第六類:榮民及其家屬和不屬於第壹至第五類的人員。
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