1、所屬公司不同
微信理財通：騰訊公司，發布在微信平臺上，提供商是華夏基金。 余額寶：阿裏巴巴，綁定支付寶，提供商是天宏基金。
2、購買平臺不同
微信理財通：主打移動平臺，通過微信。 余額寶：移動、PC平臺均可購買。
3、轉入轉出不同
微信理財通：只能和銀行卡轉出入。
余額寶：余額寶的資金可與支付寶自由轉出轉入，同時也可以轉入到銀行卡，還可以購物
4、轉入額度不同
微信理財通：試運行期間單卡單日不超過8000元，每個理財通賬戶資金不超過100萬元。
余額寶：每日無限額，儲蓄卡快捷支付單筆不超過5萬，每日不超過5萬（電腦端是不超過5000），每月不超過10萬，每個賬戶資金不超過100萬元。
5、到賬時間不同
微信理財通：微信理財通支持工行、農行等11家銀行2小時到賬，其他銀行1-3天內到賬。
余額寶：手機端支持2小時到賬，電腦端24小時到賬
6、收益率不同
兩者相差不大，收益率隨時都是在波動的。
7、購買門檻不同 微信理財通：1元起購。
余額寶：1分起購。門檻更低。
8、使用頻率上 微信理財通：微信幾乎每天都會登陸，隨時可以查看。
余額寶：壹般在購物時會登陸支付寶，相對使用率較低。