首先，關聯交易的主體範圍具有廣泛性和不確定性。
其次，基金關聯人的法律地位具有雙重性和矛盾性。以基金管理人為例，在其與基金進行關聯交易中，作為基金的管理人，它與基金之間存在著信托法中的信賴關系，對基金和基金持有人負有忠實義務，應當在交易中最大限度地維護基金和基金持有人的利益；另壹方面，作為與基金交易的另壹方，必然有自己的獨立利益，而且和基金具有平等的主體地位。這種地位的雙重性和矛盾性必然導致利益沖突，在缺乏持有人監督和信息不對稱的情況下，基金管理人很可能為了自身利益違反其忠實義務，損害基金的利益。這也是基金關聯交易受到嚴格法律管制的主要原因。
第三，關聯交易的表現形式具有多樣性和復雜性。
第四，關聯交易的管制具有限定性。法律對基金關聯交易的管制也是有限度的，並不是壹概禁止。