國家自然科學基金申請是面向全國的，由申請人作為項目的實際負責人，申請人正式受聘於項目依托單位，在職研究生作為申請者只可申請面上項目，並征得導師同意，但基金並不歸導師所有。
國家自然科學基金委員會，簡稱自然科學基金委，是國務院於1986年2月14日批準成立的事業單位，由中國科學技術部管理。