專用基金結余屬於各級財政部門的凈資產，專用基金結余每年結算壹次。年終財政部門將基金預算收入與基金預算支出相抵後，即為當年的專用基金結余。當年專用基金結余加上上年年末專用基金結余為本年年末滾存專用基金結余。
計算方法
專用基金結余每年結算壹次。年終財政部門將基金預算收入與基金預算支出沖光彩後，即為當年的專用基金結余。當年專用基金結余加上上年年末專用基金結余為本年年末滾存專用基金結余。
核算方法
1、財政部1997年6月頒布的《財政總預算會計制度》設置“專用基金結余”科目對專用基金結余進行核算。本科目用於核算總預算會計管理的專用基金收支的年終執行結果。
2、年終轉賬時，財政部門將全年的“專用基金收入”科目的期末貸方余額轉入“專用基金結余科目”的貸方，即，借記“專用基金收入”科目，貸記“專用基金結余”科目；
將全年的“專用基金支出”科目的末借方余額轉入“專用基金結余”科目的借方，即借記“專用基金結余”科目，貸記“專用基金支出”科目。
3、“專用基金結余”科目的年終貸方余額，反映本年專用基金的滾存結余，轉入下年度。