民航基金和燃油附加費的進項稅額不能抵扣。航空運輸電子機票行程單上的價格是逐項列出的，包括票價、燃油附加費和民航發展基金。民航發展基金屬於政府性基金，不計入航空企業銷售收入。因此，不扣除進項稅。
根據《關於深化增值稅改革有關政策的公告》：第六條、納稅人購進國內旅客運輸服務，其進項稅額允許從銷項稅額中抵扣。
民航發展基金使用範圍有哪些？
1.民航基礎設施建設，包括機場起降區、航站區、機場圍界、民航安全和空中交通管制系統等基礎設施建設。
2.對貨運航空公司、區域航空公司、國際航空公司、中小型民用運輸機場（含軍民機場）給予補貼。
3.支持民航節能減排。
4.支持通用航空發展。
5.加強可持續安全能力和適航審定能力建設。
6.民航科教、信等重大科技項目研究開發和新技術應用。
7.其他必要支出。