三元工資是:基本工資(檔案工資)、崗位工資、績效工資。
其中，基本工資與職位(職稱)、工齡、工齡、單位性質和地區差異等因素有關。這部分工資由國家工資制度控制，目前基本沒有調整空間。
崗位工資數額由各單位根據自身經濟實力確定，所有人員分為科研、管理、保障等系列。不同系列之間崗位工資不同，主要體現崗位的重要性和職責不同。壹般來說，這種差別和不同崗位的檔案工資差別差不多。
績效工資主要根據爭取的資金、承擔的任務、完成的任務來確定。各單位制定的績效工資差別很大。比如縱向基金(如973、863、國家基金等。)和不同課題的橫向基金有不同的績效薪酬；各種產出的績效工資數額也有很大差異，比如成果轉化、論文、專利、研究生人數等。非科研系列的績效工資往往根據科研系列的相應績效工資水平浮動。