1，授予條件不同。國家科學技術進步獎主要授予在技術研究、技術開發、技術創新、先進科技成果推廣應用、促進高新技術產業化、完成重大科技項目和計劃等方面做出創造性貢獻的中國公民和組織。國家自然科學獎的評選條件更加嚴格，授予闡明自然現象、特征和規律，在基礎研究和應用基礎研究中做出重大科學發現的公民。
2.含金量不壹樣。國家自然科學獎和國家科技進步獎都是國務院設立的五大國家科學技術獎之壹，國家自然科學獎含金量更高。