FOF基金的缺點之壹是雙重收費機制。由於FOF基金有兩個管理人，即母基金管理人和子基金管理人，自然，FOF基金向投資者收取管理費時會出現雙重收費。但投資者也需要認識到，FOF基金的管理費是支付給母基金管理人的，這樣可以避免投資者因為投資單壹基金而承受更大的風險，也可以幫助投資者選擇更好的標的，及時做出投資建議。如果能交千分之幾的管理費選擇更好的基金，還是值得的。
二是在牛市中，FOF基金的收益相對低於股基。這也是壹個不可避免的問題。畢竟FOF基金的原理就是把資金分成幾個基金，追求穩定收益的同時平抑波動，分散風險。因此，FOF基金在分散風險後，也會分散壹部分收益。