工程公司負責維修基金的申請，主要是因為工程公司有專業的維修技術和經驗，有相應的資質和證照，能夠承擔相應的維修責任和風險。此外，工程公司通常具有更強的資金實力和項目管理能力，能夠提供更全面、更專業的維修服務。