1、競爭壓力增大，面上基金和重點基金都是國家級科研項目，申請者同時報考兩種基金，將面臨更大的競爭壓力，兩種基金的申請者都是優秀的科研人才。
2、資金來源不同，面上基金和重點基金的資金來源不同，申請者同時獲得兩種基金的資助，根據基金的要求進行資金使用，避免違規行為。
3、申請材料準備，同時申請面上基金和重點基金需要準備兩份不同的申請材料，花費更多的時間和精力，兩種基金的申請條件和評審標準也有所不同，需要申請者針對性地準備材料，增加了申請的難度。
4、申請結果影響，申請者同時申請面上基金和重點基金，申請結果會相互影響，例如，申請者同時獲得了面上基金和重點基金的資助，會影響其他申請者的資助機會，此外，申請者同時申請兩種基金，會影響評審委員會對申請者的評價和認可。