債券基金手續費包括：申購費、贖回費和運作費（基金運作費每日在基金資產中計提，每月進行支付，不單獨向投資者收取）。基金申購費根據成交金額而不同，成交金額越大，收費標準越低，基金贖回費根據持有時間而不同，持有時間越長手續費越低，甚至為0。
各基金手續費標準不同，投資者可以在基金交易規則中查看具體收費標準。