基金會在中國的工作可分為兩部分。20世紀上半葉，壹個很大的舉措就是協和醫學院及其附屬醫院的成立。從1916到1947的32年間，基金會用於建立、維持和發展聯盟的撥款總額為4465萬美元。其他資助包括:幫助創建自然科學學科，如生物學、化學、物理學、地質學、考古學、遺傳學、農業科學和植物學；推進鄉村建設，開展群眾教育運動；它有助於創建社會學(包括人類學)，有助於中國學者與西方交流。其持續資助的南開大學經濟研究所，在1949之前是中國最重要的現實經濟問題研究所。
在中國的許多動蕩時期，基金會繼續幫助中國，特別是在抗日戰爭最困難的時期。根據當時的條件和需要，以最可行的方式幫助搬遷到大陸的學術機構。如果基金會給有關大學撥款，大學將邀請壹批中國著名學者赴美講學壹年。這個項目下的特邀學者有羅昌培、馮友蘭、梁思成、費孝通等十幾位教授。
改革開放後，洛克菲勒是第壹個恢復與中國合作的基金會。它的工作不是按國家劃分的，而是按領域劃分的，它的壹貫重點——農業、醫療和計劃生育——都是中國迫切需要的領域。現在，它在中國的合作單位相當廣泛:農業科學院、中科院農業政策研究所、位於杭州的中國水稻研究所、中國環境與發展研究所、中國計劃生育委員會及其下屬機構、中國科學技術委員會及其下屬機構，以及壹些地方科研院所和機構。