創新基金作為政府對科技型中小企業技術創新的資助手段，將以貸款貼息、無償資助和資本金投入等方式，通過支持成果轉化和技術創新，培育和扶持科技型中小企業。創新基金將重點支持產業化初期（種子期和初創期）、技術含量高、市場前景好、風險較大、商業性資金進入尚不具備條件、最需要由政府支持的科技型中小企業項目，並將為其進入產業化擴張和商業性資本的介入起到鋪墊和引導的作用。因此，創新基金將以創新和產業化為宗旨，以市場為導向，上聯“八六三”、“攻關”等國家指令性研究發展計劃和科技人員的創新成果，下接“火炬”等高技術產業化指導性計劃和商業性創業投資者，在促進科技成果產業化，培育和扶持科技型中小企業的同時，推動建立起符合市場經濟客觀規律、支持科技型中小企業技術創新的新型投資機制。