托管費通常按照基金資產凈值的壹定比例提取，逐日計算並累計，至每月末時支付給托管人，此費用也是從基金資產中支付，不須另向投資者收取。基金的托管費計人固定成本。基金托管費收取的比例與基金規模和所在地區有壹定關系，通常基金規模越大，基金托管費費率越低。新興市場國家和地區的托管費收取比例相對要高。托管費年費率國際上通常為0.2％左右，美國壹般為0.2％，我國內地及臺灣、香港則為0.25％。
必須指出的是，基金管理費和托管費是管理人和托管人為基金提供服務而收取的報酬，是管理人和托管人的業務收入。管理費和托管費費率壹般須經基金監管部門認可後在基金契約或基金公司章程中訂明，不得任意更改。基金管理人和托管人因未履行或未完全履行義務導致的費用支出或基金資產的損失，以及處理與基金運作無關的事項發生的費用、不得列入基金管理費和托管費。基金直投是不通過代銷機構，而直接投資基金公司的基金，省卻了基金的托管費，相應的申購費較代銷的為低。