國家自然基金申報時間準備時間是12月底至次年2月底，正式的申報時間是3月份。每年12月底至次年1月初都是基金含申報的高峰期。申報時間分為兩個階段，第壹階段是申報者按照規定填寫申請書，提交申請材料，完成申請程序，第二階段是審核時間，由評審專家對申請材料進行審核，給出評審結果。
2024年度國家自然科學基金項目形式審查明細的填報申請書開始時間是2024年1月15日，項目指南發布時間是2024年1月中上旬，集中接受工作開始時間是2024年3月1日，集中接受工作結束時間是2024年3月20日，初審結果公布時間是2024年4月29日前。