1、主要是投資的標的都不同，這是債券基金與貨幣基金最大的區別。債券基金，是指主要投資於債券的基金，包括企業債，政府債，公司債、可轉債等等。貨幣基金，即貨幣市場基金，是指投資於貨幣市場工具的基金，包絡大額存單、央行票據，債券回購。
2、適用人群不同。債券的風險較低，因此債券基金壹般也被認為是收益和風險都適中的投資工具。貨幣基金的風險更低，而且流動性好，但是長期收益率低。
3、申購與贖回。在申購時間和費率上，二者也有很大不同。貨幣基金的認購費率為0，但是貨幣基金會從基金費用中提取不高於0.25%的服務管理費用。另外，貨幣基金的基金凈值固定在1.00元/份，超出1元的部分會分紅，且每日分配收益。債券型基金的認購費用壹般在1%以下，單位凈值每天都有變化。
本條內容來源於：中國法律出版社《中華人民***和國金融法典:應用版》