水利基金是水利建設的專項資金，由中央水利建設基金和地方水利建設基金組成。中央水利建設基金主要用於關系國民經濟和社會發展全局的主要江河重點工程的維護和建設。
地方水利建設基金主要用於城市防洪和中小河流、湖泊的管理、維護和建設。跨流域、跨省(自治區、直轄市)的重大水利建設工程和我國跨國河流、邊境河流重點保護工程的管理費用，由中央和地方財政承擔。
第壹條為加快水利建設步伐，提高江河防洪抗旱能力，改變重點水利設施和江河防洪體系建設落後局面，緩解水資源供需矛盾，促進社會經濟持續快速健康發展，根據國務院關於設立水利建設基金的決定，制定本辦法。
第三條中央水利建設基金的來源:
(壹)從中央有關部門的資金(收費、附加費)中提取3%。應從水利建設基金中提取的中央政府性基金(費及附加)包括:車輛購置附加費、港口建設費、鐵路建設基金、市內電話初裝費、郵電附加費、中央共享的電力建設基金。
(二)經國務院批準用於水利建設基金的其他資金。