主要業務是貫徹國家、省、市有關醫療生育保險的政策法規，制定本市醫療保險具體業務流程和操作規範，並組織實施。
負責醫療、生育保險基金的管理和支付，嚴格執行醫療、工傷、生育保險財務管理制度，確保基金的安全完整。
負責編制醫療生育保險基金預決算草案，按時報送各種財務統計報表。
建立健全醫療生育保險基金預警系統，定期對基金收支情況進行分析和預測。
負責確定定點醫療機構和零售藥店，與定點醫療機構和零售藥店簽訂服務協議，指導和管理定點醫療機構和零售藥店的業務工作。
負責定點醫療機構和零售藥店醫療費用的審核、結算和撥付。