政府財政性資金的投入,按照“誰受益,誰負擔”的原則,要由中央財政和地方財政***同籌集。中央提出通過提高水價,建立政府性專門基金來籌資。因此,《南水北調總體規劃》最終確定了南水北調工程由中央預算內資金、南水北調工程基金和銀行貸款三部分組成的籌集方案,其中,南水北調工程基金占到工程投資的25%左右。
據粗略估算,石家莊市市在2005-2010年這6年內需要征收南水北調幹渠工程基金14億元左右,其中,2005-2006年度將征收2.48億元。基金將直接附加到水價上,由物價部門統壹收取,並全部上繳國庫用於工程建設。