不過，佛教，最講究因果。在寺院裏面，功德箱上如果寫明“放生功德箱”，錢就壹定是用作放生的。如果是“印經功德箱”，錢是壹定用作印佛經的。這個是有戒律的，不允許錯亂的。凡懂佛教因果的人，在這些方面是極為嚴謹的。
寺院佛像前也有沒有寫明具體用途的功德箱，那些善款，就是寺院的日常開支，包括出家人的衣、食、住、行、殿堂的維修、佛像的莊嚴、燈油等等，就是供養三寶。
至於有大型寺院成立慈善基金會，那也是專款專用，直接用於社會慈善事業，管理和開支基本與社會上其他慈善機構類同。我們如果捐款給寺院的慈善基金，就不是供養三寶，而是慈善事業，雖然是由寺院去做慈善，但性質有所不同。