1、基層審計機關受時間緊、任務重、人員少、審計面窄、審計手段單壹的限制，社保資金審計往往流於表面、淺嘗輒止，難以發現制度、機制方面深層次的問題，從而造成審計報告內容單調、質量不高。
2、在社保審計中，受基金統籌級次和數據管轄權的限制，審計人員往往難以獲取完整的基礎數據，個別行業、部門也存在數據信息不完備、數據庫未互聯***通或出於安全考慮數據提供不及時的問題。