首先是流動性的喪失。基金所有權的高度集中和基金之間的交叉持股，影響了基金所持股票的流動性。在投資者看來，以基金持有的份額市值為基礎計算的基金凈值並不能反映基金的真實價值，而是需要扣除流動性不足可能造成的凈虧損，這直接導致基金在二級市場的價格低於其凈值；
第二是雙重交易成本。資金在買賣股票時需要支付交易費用，交易費用壹方面包括買賣股票支付的傭金，另壹方面包括賣出股票導致的股價下跌帶來的凈虧損；
第三是投資者行為的非理性。在二級市場購買封閉式基金的投資者，壹般不是想在到期清算後實現資產增值，而是想在二級市場高價賣出，獲取差價收益。因此，其價格變化類似於上市公司的股價，受公司業績、市場供求、市場環境等因素的影響。
折價率與基金規模、清算周期之間存在正相關關系，也在壹定程度上反映了投資者對基金管理水平的認可程度，因此折價率低的基金往往表現優於行業平均水平。但是，基金未來的成長能力不能單純用折價率來綜合衡量。要從整個基金公司資產管理的角度，結合市場的階段性特征來分析折價率高的原因。