南都公益基金會標識設計以銀杏樹為原型。銀杏樹植根本土，生命力旺盛，有中國國樹之稱。圖形突出了銀杏葉的特征，形似壹棵紮根大地的小樹，象征著中國民間公益組織從小到大，頑強生長的品格，同時又蘊含著南都公益基金會傾力培育民間公益之樹的美好寓意。圖形設計簡潔，造型優美，色彩采用暖色，亮麗溫暖；張開的樹冠像陽光懷抱需要關懷的人，讓人心懷希望，體現了公益精神。
南都基金會資助非營利組織為農民工子女開展的各項公益項目和誌願服務活動，包括：農民工子女道德輔導項目、學業輔導項目、健康成長指導項目、就業服務項目、生活方式輔導項目、社會交往指導項目以及改善農民工子女成長環境的研究和政策推動項目。公益項目最高資助額為人民幣20萬，重點項目最高資助額不超過30萬，其中資助額在5萬元以下的為小額資助項目。