基金註冊登記機構是指基金管理公司向中國證監會申請設立的，負責基金的設立、註冊、備案等事項的機構，通常是基金管理公司的全資子公司或獨立的機構。基金註冊登記機構需要向中國證監會提交基金的設立申請，包括基金合同、招募說明書等材料，並根據中國證監會的要求進行逐步修改完善，直至獲得中國證監會的批準後才能正式成立基金。
基金份額登記機構是指基金管理公司委托的，負責基金份額登記、份額持有人信息管理等事項的機構。基金份額登記機構是基金管理公司的服務提供商，負責為基金管理公司提供基金份額持有人信息管理、份額登記、份額轉讓等服務，並為基金管理公司提供相關信息和報告。
因此，基金註冊登記機構和基金份額登記機構是兩個不同的機構，分別承擔著基金運作不同的責任和任務。