壹基金人員不直接接觸到募集資金。也就是，按規定，壹基金只能負責籌錢，並不負責管錢。以2008年汶川地震救災捐款過程為例，壹基金管委會對捐款的用途有決策權，但仍要通過紅十字會的渠道使用資金。
由於沒有獨立法人身份，紅十字會下設的合作專項基金計劃不能有自己的機構和員工。
壹基金的尷尬身份是中國的制度造成的，壹基金就像壹個沒有身份證的孩子，希望中國公益慈善事業更加專業化、透明化發展的人已經開始質疑壹基金的身份、法律結構。中民慈善捐助信息中心副主任劉佑平即指出，沒有公募資格的非公募基金會，卻在行使公募之實。壹基金是利用紅十字會的公募權力尋租，這說明中國慈善基金會的混亂。