1、首先將壹切醫保違規款劃到相應收入科目，將收到的違規款通過“費用支出”科目，按相關財務規定退回給醫保局。
2、其次記錄退回醫保基金違規款的憑證號和憑證編號，並將憑證留存在財務歸檔處，充分準備和保管醫保違規款的相關資料，以備查詢。
3、最後將違規款的撥付和入賬，都要做到記賬準確，招入賬及時歸檔，以保證財務工作的完整性和準確性就能處理好了。