私募股權基金的主要組織形式有三種：公司制、信托制（契約制）和有限合夥制；而根據基金的不同運作階段，又可為分為募集與設立階段、投資運作階段及退出階段。
私募股權投資屬於高風險投資方式，因此約束投資範圍、投資方式以及每個項目的投資比例就顯得尤為重要。但是，由於投資範圍、投資方式的復雜和無法窮盡，實踐中往往采用“否定性約束”的方式，以達到控制投資風險的目的。例如，約定不得對某壹個項目的投資超過總認繳出資額20%，不得進行承擔無限連帶責任的投資，不得為已投資的企業提供任何形式擔保，以及合夥企業的銀行借款不得超過總認繳出資的40%等等。
實踐中，通常有兩種做法：第壹種，管理費包括運營成本。好處是可以有效控制運營費用支出，做到成本可控。目前，為了吸引資金，很多國內的私募股權投資資金采取了這種簡便的方式。第二種，管理費單獨撥付，有限合夥企業運營費用由有限合夥企業作為成本列支，不計入普通合夥人的管理費用。這是國際通行的方式，管理費的數額按照所管理資金的壹定百分比，通常為0.5%—2.5%，提取方式可以按季、半年或壹年