國家自然科學基金委發布了新的《國家自然科學基金項目決算表編制說明》（2020年9月） ，對結題項目結余資金比例和管理提出新要求：“對於結題時經費結余50%以上的項目， 要求項目負責人做出情況說明，經依托單位審批同意後與項目決算表壹並提交。對無充分理由導致結余經費過多的項目不予結題。”
決算支出數據截止到結題當年的12月31日。 2015年及以後批準資助的項目只編報直接費用決算。根據審計署對基金委2019年度預算執行等情況進行審計時指出，科學基金存在著項目結題時資助經費結余現象較為普遍、部分項目結余經費過多的問題。為了進壹步加強科學基金項目經費的規範使用和管理、提高資金使用效益，對於結題時經費結余50%以上的項目，要求項目負責人做出情況說明，經依托單位審批同意後與項目決算表壹並提交。對無充分理由導致結余經費過多的項目不予結題。可以重新做預算，兩年內按照用於科研項目支出。